Вопрос по теме дизайна Super

Здравствуйте, Алексей! 

В подвале сайта возможно формировать/задавать меню в ручную (ссылки на нужные страницы)?

Да. Это делается через настройки темы. 

В карте товара возможно отображение на ПК версии из трех блоков — Фото товара, блок кратких характеристик, блок корзины — как это реализовано в теме дизайна Sexy? или это нужно отдельно дорабатывать?

Вы об этом режиме отображения?

Это можно настроить через настройки темы.

Режим отображения галереи изображений – скрытая настройка, чтобы её увидеть, нужно отметить в самом начале настроек темы галочку отображения скрытых настроек темы.

Из карты товара возможно делать лендинг как в теме дизайна SPECIAL ? это предусмотрено настройками темы дизайна Super?

Тема поддерживает подобное отображение, только это делается не через настройки темы, а через редактор товара. 
Прочтите вот эту инструкцию.