Верхнее меню

1) Подскажите, в настройках шаблона где-то можно настроить страницы, которые отображаются в верхнем меню? У меня там главная почему-то 2 раза... Один раз как главная - второй раз с тайтлом...

Да.

Дублирование главной страницы с тайтлом – это как раз содержимое WA-APPS меню.
Меню можно настроить в приложении Сайт - настройки - wa-apps() меню - радио-кнопка настроить.

Нюанс в том, что если у вас там один единственный пункт, то его невозможно удалить.
В таком случае отключите wa-apps меню в настройках темы.

2) И еще вопрос по списку страниц, которые отображаются под боковым меню категорий. Его можно отключить?

Ответ здесь.