Яндекс-вебмастер: Канонический адрес не указан

Здравствуйте, Андрей! 

Canonical технически встроен в тему (в любую тему). 
В файле index.html должен быть код:

{if !empty($canonical)}
  <link rel="canonical" href="{$canonical}">
{/if}

Но вот ответ на вопрос, когда срабатывает переменная $canonical в этом коде, мне не известен. =) 
Тут важно понимать, что canonical нужен тогда, когда есть две одинаковых страницы, чтобы робот понимал, какая страница основная. 

По этому вопросу лучше обратиться в службу тех. поддержки Webasyst.