Название префикса ("flatty.") для блоков сделать настраиваемым.

Здравствуйте, Михаил!
Боюсь, что на данный момент не меняя код шаблонов у вас ничего не получится.. =(

Если вы будете использовать одну тему на несколько витрин, то для каждой витрины настройки темы будут одни и те же.

Если вы хотите использовать тему с разными настройками, то необходимо создать клоны тем. После создания клоново не забудьте переназначить для них новую родительскую тему-клона – тему для приложения сайт.

Но даже в таком случае, содержимое блоков будет выводится одно и то же.
Если вам нужно выводить разное содержимое блоков на разных витринах, то всё таки придёться залезть в код шаблонов и изменить префиксы блоков вручную.
Ниже список блоков и шаблон, в котором они находятся:

Тема для приложения Сайт

• flatty.footer_about – footer.about_us.html
• flatty.footer.user_scripts – footer.html
  
• flatty.logo_bot – footer.logo.html
  
• flatty.footer.nav – footer.nav.html
  
• flatty.footer_pay – footer.pay.html
  
• flatty.footer_shipping – footer.shipping.html
  
• flatty.footer.user_scripts – footer.user-scripts.html
  
• flatty.reviews – home.reviews.html
  
• flatty.logo_top, flatty.text_logo, flatty.slogan, flatty.logo_fb – index.html
  
• flatty.user_style – options.site.style.html
  
• flatty.sidebar – sidebar.html
  
• flatty.sidebar_custom – sidebar.custom.html
  
• flatty.wa_apps – в нескольких файлах: sidebar.pages.html, и все файлы top.nav…html
  
• flatty.top_banners – top.banners.html
  
• flatty.triggers – triggers.html
  

Тема бля приложения Магазин

• flatty.logo_top – checkout.html
• flatty.home_welcome – home.welcome.html